La máxima autoridad del Complexus es el Consejo de Rectores.

Para fines de gestión y operativos se cuenta con la Comisión de Representantes, un Secretario General Ejecutivo y una serie de Comisiones de Trabajo.

Para el periodo 2007-2008, el Secretario General Ejecutivo es el Dr. Pedro Medellín Milán, de la UASLP, y las Comisiones de Trabajo son:

Comisión	Responsable
1. Formación y Actualización	Dr. Francisco Javier Cárdenas Murguía Universidad de Colima
2. Análisis, Reflexión y Conceptualización	Dr. Benjamín Ortiz Universidad Iberoamericana – Puebla
3. Vinculación	M. C. Norma Y. Mota Palomino Universidad Autónoma de Coahuila
4. Publicaciones	Dra. Ma. Laura Ortiz Hernández Universidad Autónoma del Estado de Morelos
5. Reglamentos y Normas	Biol. Carlos Oliverio Pantoja Universidad Tecnológica de León
6. Información y Difusión	Dra. Shafía Súcar S Universidad de Guanajuato

El Complexus se honra al contar con la asesoría de:

• Dr. Edgar González Gaudiano, Profesor Investigador de la Universidad Autónoma de Nuevo León
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• Mtra. Ma. Teresa Bravo Mercado, Profesora Investigadora del CESU-UNAM
  
• Mtra. Luz María Nieto Caraveo, Secretaria Académica de la UASLP
  
• M. en C. Javier Riojas, Profesor de la Universidad Iberoamericana Ciudad de México

Una de las características básicas de las instituciones que forman parte del Complexus es que todas ellas han establecido o tienen planes formales de establecer programas o iniciativas de alcance institucional que buscan la articulación de sus funciones sustantivas (docencia, investigación y extensión) y adjetivas (administración y apoyo) en torno al ambiente y la sustentabilidad. Es decir, han creado o van a crear un programa, plan, acuerdo, coordinación, comisión o algún otro tipo de entidad que busca incidir sobre el conjunto de actividades y espacios educativos y administrativos de la institución, a partir de proyectos multidisciplinarios.

 Los mecanismos de integración al Complexus de otras instituciones de educación superior (IES) se encuentran descritos en el convenio.